Anlässlich der Gedenkstunde zum 9. November 1992 wurde eine kleine Ausstellung im ehemaligen Luftschutzbunker am Obergraben in Siegen gezeigt. Der Bunker war 1940 auf den Grundmauern der im Jahr zuvor abgerissenen Synagoge errichtet worden. Die Besucherinnen und Besucher waren von der für die Gedenkstunde aufgebauten Ausstellung so beeindruckt, dass die Idee aufkam, in einem größerem Rahmen an die ehemalige jüdische Gemeinde zu erinnern. Es vergingen dann einige Jahre, in denen mit dem Eigentümer des Bunkers, dem Kreis Siegen-Wittgenstein, über die Herausgabe eines Teils des Gebäudes für Dokumentationszwecke verhandelt wurde.
Am 10. November 1996 war es endlich so weit: Im Beisein des Landesrabbiners von Westfalen, Dr. h.c. Henry G. Brandt, wurde das kleine Museum, das zugleich Gedenk-, Lern- und Dokumentationsort soll, eröffnet. Seit dieser Zeit steht der interessierten Öffentlichkeit das Museum zur Verfügung. Häufigste Besucher sind Gruppen, vor allem Schulklassen, die sich zu Museumsführungen mit anschließenden Stadtrundgängen zur Geschichte des Nationalsozialismus vor Ort anmelden.
Ein Förderverein leitet das Museum. Er ist eng eingebunden in die Arbeit der örtlichen Gesellschaft für Christlich-Jüdische Zusammenarbeit, die eine Reihe ihrer Veranstaltungen im Museum durchführt. Eine Erweiterung des Museums erfolgte am 27. Januar 2001. Es umfasst nun die gesamte erste Etage des Luftschutzbunkers (rd. 200 qm).
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